agarosegelelektroforese skiller DNA-molekyler er basert på størrelsen av fragmentene inneholdt i prøven. Små hull på toppen av gelen , kalt " brønner ", er lastet med væske inneholdende DNA som skal undersøkes . Denne enden av gel plasseres ved anoden , eller negativt ladet elektrisk kilde .
Små fragmenter
DNA-fragmenter trekkes mot katoden , eller positivt ladet elektrisk kilde . Som molekylene migrerer gjennom agarosegel , begynner de å separere i henhold til størrelse. De minste fragmenter av DNA er de av den laveste molekylvekten; disse fragmentene er den raskeste til å migrere mot katoden slutten av gel.
Større Fragments
Som fragmenter av DNA bli større og har høyere molekylvekt , de er tregere til å bevege seg gjennom agarosegelen mot katoden ; derfor er de største fragmenter av DNA funnet i nærheten av anoden slutten av gel, mens de minste fragmenter av DNA er funnet i nærheten katoden slutt.
Visualisering
DNA fragmenter kan bli visualisert under en ultrafiolett lyskilde ved farging dem med en spesiell kjemisk kalt etidiumbromid . Når de utsettes for ultrafiolett lys , fragmentert DNA vil vises i en stige formasjon, med de tyngste og største fragmenter av DNA på toppen av stigen og de letteste , minste DNA-fragmenter nederst på stigen .