Sannsynligvis den største ulempen av DNA chips er at de er dyre å lage. Mens kostnadene har litt droppet, og vil trolig fortsette å falle, dagens kostnader ved å opprette DNA chips er fortsatt dyrt , på rundt 100 kr. Som et resultat , bare godt finansiert laboratorier har økonomi til å eksperimentere med denne teknologien.
Produksjonsproblemer
Et annet problem med DNA chips er produksjons vanskeligheter involvert. Dette er hovedsakelig på grunn av det faktum at de fleste DNA- brikker kan bare utføres av enkelte produsenter med riktig teknologi . Som et resultat, er det ofte vanskelig , eller det tar lang tid for selve forskere for å oppnå DNA- chips. Selv om produksjonsteknikker har bedret seg, er det fortsatt mye mer utvikling som trengs for å gjøre prosessen mer effektiv.
Data Feiltolkning
Et alvorlig problem at mange forskere står overfor er ganske enkelt å analysere dataene fullstendig. Siden det er fortsatt mye arbeid som må gjøres med DNA chips, er det veldig lett for forskere å feiltolke data . Dette er først og fremst fordi det er så mye data på hver brikke , og det er ofte vanskelig å korrekt behandle alt sammen. Som et resultat , kan uriktige konklusjoner lett oppstå , som noen ganger fører til misvisende resultater .
Etisk dilemma
Kanskje en mindre anerkjent ulempe er det etiske dilemmaet involvert med DNA chips . Mens disse brikker er i hovedsak utformet for å forstå og forebygge sykdommer , er det etiske grenser som ofte er krysset . For eksempel kan DNA- brikker å skape sykdomsfri mennesker, og muligens forlenge den naturlige levetid. I sin tur , kan den globale befolkningen bli dramatisk styrket , noe som kan føre til overbefolkning. Det er derfor det er moralske dilemmaer --- denne type teknologi tillater mennesker å hovedsak " leke Gud . "