hydroksyd -ion -konsentrasjon og pH-verdi har en direkte korrelasjon, noe som betyr at jo høyere pH, desto høyere er konsentrasjonen hydroksyd . Likeledes faller desto lavere er hydrogenionkonsentrasjonen . Ved høy pH , så er løsningen rik på hydroksydioner , og disse negativt ladede ioner kan trekke hydrogenioner ut av molekyler som basepar i DNA. Denne prosessen forstyrrer hydrogenbindinger som holder de to DNA-trådene sammen , noe som får dem til å skille .
RNA vs DNA
motsetning RNA , mangler DNA en hydroksylgruppen på i 2 ' posisjon i hver sukkergruppe . Denne forskjellen gjør at DNA er mye mer stabilt i alkalisk oppløsning . I RNA, kan hydroksyl -gruppen i 2 -stilling gir opp en hydrogen -ion i oppløsningen ved høy pH-verdi , noe som skaper en svært reaktiv alkoksyd -ion som angriper fosfatgruppe holde to nabo nukleotider sammen. DNA ikke lider av denne defekten , og dermed nyter bemerkelsesverdig stabilitet ved høy pH .
Alkaliske lyse arkiv
Molekylærbiologer ofte gjøre bruk av alkalisk denaturering å isolere plasmid DNA fra bakterier . Plasmider er små løkker av DNA skille fra det bakterielle kromosom . I et alkalisk lysis miniprep , biologer i vaskemiddel og natrium -hydroksyd til bakterier suspendert i løsning . Vaskemiddelet løser opp den bakterielle cellemembran, mens natriumhydroksyd øker pH og gjør oppløsningen sterkt alkalisk. Som de ødelagte cellene slipper deres innhold , DNA inne skiller i sine enkelte tråder , eller denatures .
Reannealing
Når biolog trekker ut DNA fra cellen , han tilfører en reagens for å returnere løsningen til en mer nøytral pH-verdi , og utfelle vaskemiddel. Endringen i pH tillater plasmidet strengene for å reanneal ; voluminøse kromosom , men kan ikke gjøre det samme , slik at biolog kan fjerne det sammen med vaskemiddel , denaturert proteiner og andre diverse skrot , forlater plasmid bak . Alkalisk lysis ikke helt rense plasmid -DNA ; heller , fungerer den som en "quick and dirty" måte å hente det fra cellen og fjerne de fleste andre forurensninger .